免許はミッションでとりましたがその時しか載ってなく何十年もオートマし

免許はミッションでとりましたがその時しか載ってなく何十年もオートマしかのってないのに会社からどうしても4トン乗ってくれと言われた場合、断ったがそれでも乗ってと言われた場合、
事故し
ても一切責任はとれませんよ
と会社に言ったり念書を書かせるのはいかがな行動ですか？

いくら念書があっても、事故を起こしたら「運転者の責任」が問われます。例えば人身事故を起こして、相手がケガをしてしまったら補償は保険がきくでしょうが、行政処分（違反点数の加点）はあなたに付いてきますよ。
つまり、念書なんてあまり意味がないですよ。罰金や反則金を会社に払ってもらう程度でしかありません。

暗に「お前会社辞めろ」と言われているような気がする。

免許は持っていても、運転の自信が無い車を強制的に運転させる事は出来ません。
ですが、いくら強制的に運転させられても事故を起こせば運転者の責任になります。
理由としては、運転を断ればいいって事。
でも会社の命令として断るに断れないでしょうからその場合は、事故の責任は運転者が受け、その後強制的に運転させた事による事故という民事として、会社に責任を問うという流れになります。
日本の法律や裁判は、刑事事件と民事事件を同時には裁けないですから。

言われた人に 指導してと頼む
普通なら壊されたく無いから 乗せないと思うけど