車の普通免許をとりたいと思っているのですが、オートマとマニュアルは何が違う

車の普通免許をとりたいと思っているのですが、オートマとマニュアルは何が違うのですか？

運転免許の「オートマ」は、AT限定つきの免許の事をいいます。また、それに対して「マニュアル」は、AT限定がついていない免許の事をいいます。AT限定つきと言うのは、厳密には違うのですが一般的には、マニュアルトランスミッション車(MT車)を運転しない(できない)、オートマチックトランスミッション車(AT車)を運転することを前提とした免許です。AT限定がついていないなら、AT車に限定されないので、MT車を運転することができます。
MT車とAT車の違いは、MT車にはクラッチペダルがある(足元にペダルが3つある)が、AT車には無い(足元にペダルが2つしかない)点です。
ガソリンエンジンのような内燃機関は、一定の回転数以上で回り続けないと停止してしまい、またある程度狭い範囲でしか回転数を変えられないと言う特性がありますが、その動力を受けて車体を前進させる車輪は、停止から100km/h超えまで幅広い範囲で回転しなくてはなりません。そのため自動車は、エンジンの回転数と車輪の回転数を適切に対応する機構(変速機・ギア)を使い、停止時にはエンジンと車輪の動力の伝達を切る機構(クラッチ)を使います。MT車はこのギアとクラッチが手動で、AT車は自動化されています。
AT限定なしの場合、教習や試験はMT車で行いますので、アクセルとブレーキの他に、クラッチとギアの扱いを習得する必要があります。AT限定ありであればその部分が省略できるので、アクセルで前進し、ブレーキで停止する、と言うシンプルな操作方法だけで済みます。
現在市販されている普通自動車はAT車が98%を超えるそうですし、AT車しか存在しないモデルが多く、MT車は探さないと見つからない程度に減ってしまっています。レンタカーも借り出せるのはほぼAT車です。なので、特にMT車が必要な事情がない限り、運転免許をAT限定付きで取得しても、何も問題はありません。
運送業や建設業など準中型自動車免許以上の取得が必要になる職に就く場合は、それらの免許にはAT限定はつけられませんので、慣れる意味で普通自動車免許もAT限定なしで取得するのが適切でしょう。また、MT車のスポーツカーに興味があったり、現に自宅でMT車を使っているなどの事情があれば、AT限定なしで免許を取る必要があるでしょう。でも、そういう事情が無いなら、AT限定付きで取得して構いません。
それに、体面を気にしてAT限定なしの免許を必要もないのに取得しても、その後に実際にMT車を運転する機会が無かったら、せっかく習得したクラッチ操作を忘れてしまい、将来「MT車運転できる免許があるのに運転できないの？」と言われて恥をかく可能性もあります。AT限定なしで免許を取るなら、MT車を買う事までセットで考えておく必要がありますよ。

普通運転免許でオートマティックTM限定で乗れるのがオートマ限定免許です。
足が不自由な人などが車に乗れる様にするためのものです。
普通の人は普通免許を取ります。

マニュアル免許のうち運転できる車を限定したのがオートマ免許です

変速操作が必要か不要かの違い。
その分、手足の操作が余分に必要
マニュアルで免許を取ると、ＭＴ車とＡＴ車の区分なく運転できます。
オートマで取ると、ＡＴ車しか運転できません。
乗りたい車が決まっていて、その車がＭＴならＭＴで免許を取らないといけないけど、決まっていなければＡＴ限定でも不足はないです。
ＭＴの車に乗りたくなれば、そのときに限定解除の審査を受ければ良いだけです。
また、普通車以上（準中型、中型、大型）の免許にはＡＴ限定はないので、仕事で乗らなければならない場合は、ＭＴにしなければなりません。

他の回答で違いを理解した上で読んでください。
MTの知識というのは、文系の人が高校の数学を覚えているようなもので、教養知識ですね。
燃料の量に応じて回転数が変わるエンジンと、速度に応じて回転数が変わるタイヤは、どう考えてもイコールにはなりませんね。それを理解するには車の構造を理解しなければなりません。それを学ぶのは普通免許の講習においてです。残念ながらAT限定では教わらない部分なのです。
もちろん、車を仕事にしよう、趣味にしよう、というのは理系に進むということです。詰まらない数学が役に立ってきます。その可能性があるなら、最初から普通免許を取ってください。あとで限定を解除するよりずっと簡単です。

左半身の使用量が多少違うだけです。