自動車学校を卒業したにもかかわらず、免許センターでの色覚検査に引っかかり免許を

自動車学校を卒業したにもかかわらず、免許センターでの色覚検査に引っかかり免許を取得できなかったという場合はあるのでしょうか？

そのようなケースも、場合によっては、あるでしょう。

全く免許なしで入校の場合の場合 その可能性は全く否定て゛きません。
その理由は貴殿の程度の問題です。ぎりぎりokの場合 または 他府県の公安委員会
受験の場合 試験の方法に強弱があります。
その場合 難儀する可能性はありますし、最悪取れない可能性はあります。
以上

入港前に検査するのでありえないでしょう
試験受ける直前になにか病気になった
でもなければ

入校前適性検査で不合格となれば入校できません。

色覚異常は、急になるわけではありませんから、もし、金儲け主義の自動車学校が色覚異常を認めながら教習をやったとしたら、悪質です。

手数料を返還させ、警察に訴えましょう。
公安委員会が営業停止などの処分をすると思います。

自動車学校でも入学前や卒業前に色覚を含めた適性検査をします（私が行った自動車学校はそうでした）。そのため、免許センターでの適性検査に不合格というのはほとんどないと思います。
また、仮免のある教習の場合、適性検査に合格しないと仮免の発行が出来ませんので、卒業そのものが出来ません。

自動車学校は技能と知識を教えるところです。身体の不具合は調べることは有りませんからそういう可能性もありますね。