修了検定に合格して仮免試験で落ちたとしたらまた修了検定もやらなきゃ

修了検定に合格して仮免試験で落ちたとしたらまた修了検定もやらなきゃいけないんでしょうか？

いいえ。修了検定の合格後は、仮免許学科試験に合格するまで、仮免許学科試験を繰り返すだけです。

修了検定（技能試験）の合格有効は「３か月間」です。
よって、修了検定合格後３か月以内であれば学科試験だけの受けなおしです。