普通免許は11人乗り以上のマイクロバスを運転できないとありますが

普通免許は11人乗り以上のマイクロバスを運転できないとありますが、
人が乗ってなくても運転してはいけないんですか？

はい。空荷でも大型トラックを運転してはいけませんし、運転手しか乗っていなくてもバスを運転してはいけません。
各自動車免許の運転可能範囲は、車検証に記載された重量や定員に対するものです。実際に何人載せ何トン積むかは関係ありません（過積載や定員外乗車は別の犯罪です）。