普通自動車の免許で原付に乗り2回スピード違反で捕まりました。1回

普通自動車の免許で原付に乗り2回スピード違反で捕まりました。1回目は52キロで2点、2回目は49キロで1点。
合計3点。これって初心者講習に該当しますか？

初心運転者講習にはなりません。

原付免許を持っている、持っていないに関係なく、
普通自動車免許証を持っている時点で、原付はベテラン（初心者ではない）になります。
ですから、原付で違反を繰り返しても初心運転者講習にはなりません。

3点はセーフ。
https://www.menkyo.jp/sp/column/column0507.html