2輪の免許を取得途中の学生です。右左折する場合、30m手前からウィンカーを出す

2輪の免許を取得途中の学生です。
右左折する場合、30m手前からウィンカーを出すとありますが、交差点を越えてから30m以内に右左折したい場合、交差点の手前でウィンカーを出すのでしょうか？
それとも、交差点を超えてからウィンカーを出すのでしょうか？

法律上は、あくまで30m手前からです。
ただし当然、その30mが確保できない場合もありますし、30m手前で出すと、曲がる予定の交差点より手前の交差点を左折するのか？と言う誤解を与えます。なので現実には、30m以内で「後続車の誤解を招かないよう、直近の交差点を通過中または通過直後に」出すのが適切です。
あと公道には、運転免許の取得と同時に大事な法規を忘れ果て、自分勝手な俺様ルールで運転するキチ[ピー]イが溢れています。周辺車両が法律通りに合図を出してくれるとは限りません。いきなり曲がり始めてから申し訳程度の合図を出しそれで合法だと言い張るゲスも居ますが、厄介なのは曲がる気が無いのに右左折の合図を出したまま忘れていたりすることです。なので、相手の合図を信用して行動しない事が必要です。自分にとってヤバい動きを相手がするかも知れないと、常に警戒するようにしましょう。そのために、右左折をしない交差点でも、手前で十分に減速します。信号が変わりそうだからと加速突破するなんてのは危険極まりない行為です。
右左折する相手に意図的に進路を譲る場合も注意しましょう。まだ初心者の内は難しいかも知れませんが、あなたが譲る気配を見せる事に、後続車は気づかないものですから、バカが単に減速したと思って無理な追い越しをかけ、進路を譲られた車と衝突する、なんて危険を招く恐れがあるのです。
二輪車は細いので、無理に追い越そうとするゴミクズがいくらでも居ます。なので、対向車に進路を譲るなら、後続車が追い越しを断念するような位置取りをすることが、事故防止に有効です。とにかくバイクはすり抜けて前に出るものだと考えて、車線の端や隙間に位置取ろうとするバカが多いですが、アレ自体が事故を誘発する危険行為です。大人しく車線中央をキープしましょう。

紛らわしいので、交差点を通過中に出します。

交差点の真ん中を通ったあたりからでいいと思います。

越えてからですね
手前で出すと交差点を右左折すると認識されますので