こんにちは。昨年10月に無免許運転で捕まりました。私は韓国人ですが

こんにちは。昨年10月に無免許運転で捕まりました。私は韓国人ですが韓国では125ccまでのバイクが運転出来る免許を持っていまして日本でも125ccまでの免許を切り替えするつもりで申請しました。
でも実際は車だけ切り替えられた免許を貰いまして、そのまま説明無しでそのまま免許証をもらいましたので今まで切り替えられたと思い込んで125ccバイクを運転して来ましたがこの前無免許運転で捕まりました。今日検察庁で罰金は無いって言われましたが免許はどうなるかわかりませんって言われました。罰金が無くても免許取り消しになる事はありますか？

刑事処分と行政処分は別物です。なので罰金(刑事処分）は無くても免許取り消し(行政処分）になるということは有り得ます。また行政処分の裁量は警察にあるので検察官に聞いてもわからないと言われるだけです。
無免許自体は25点で欠格2年というかなり重いペナルティーになるので不服がある場合は3ヶ月以内に申し立ては出来るはずです。ただ現実的にお目こぼしは殆ど内容です。(各都道府県警のHPに資料があったはずです）

他の回答を拝見致しましたが、韓国における運転免許を日本のものに切り替える際、質問者様は日本語が上手く出来なかったと仰ってたようですが、運転免許を切り替える際に日本語の翻訳文が添えられていた筈です。
韓国で本当に125ccまでの自動二輪車を運転できる免許が与えられていたとしたら、その旨の記載があった筈です。
質問者様の日本語の能力は一切関係なく、そちらの国で発行された運転免許の翻訳文を基に切り替え事務が進むようになっております。
従って、質問者様の主張される「韓国で125ccまでの自動二輪車を運転できる免許を持っていた」という内容は現時点では信憑性に欠けていると言わざるを得ません。
質問に即した回答でないことは重々承知いたしておりますが、日本国内で免許が与えられていない車種を運転した事実は無かったことにはなりませんので、下された行政処分(運転免許の取消)は免れることは出来ません。

罰金は刑事処分なので、故意性が認められないなどの理由で不起訴になったり無罪になったりすることがあります。
しかし、免許は行政処分なので、刑事処分に関係なく実行されます。種類欄に「普自二」の記載がない状態の免許で運転していて無免許運転になったのでしょう。「知らなかった」は通用しないので、無免許運転が成立し25点の違反点がつき、受けている他の運転免許は取り消され、2年の欠格期間が設定されます。