かなり焦っていますが。 - 自分はてんかん患者で2年前に運転免許を取得

かなり焦っていますが。
自分はてんかん患者で2年前に運転免許を取得しましたが
運転適正相談終了の案内を見て｢病状経過の確認のため再度適性検査を行うので、2年後の平成32年1月に診断書を主治医に書いて免許センターもしくは警察署に提出する｣と言うことを、さっき気が付きました。
これ提出しなかったら免許取り消しになる場合ってありますか？補足ちなみに今年が運転免許更新の時期です。

期間が気になります。
私もてんかん患者だから分かりますが。
最初に医師から診断書(警察専用)を書いてもらったはずです。
そこに、医師が
今後「2年以内」なら発作が起きない
と、書いただけです。
てんかん患者は、医師の指示通りに免許更新をしていかなければならないため、どうしても更新期間が異なるのですよ。(*^^*)
また、警察署から診断書を受け取って、医師に書いてもらって提出。
これで解決です。

次のリンク(pdf)の
道路交通法2(1)イ
を見てください。
https://www.jea-net.jp/wp-content/themes/jea-net/img/page/epilepsy/drive/document_pdf_02.pdf
今後x年とあるのはわかりますか？
ここに医師が「今後2年」と書いたために、今年になっただけです。
運転免許更新は、基本的に前後1ヶ月だったはず。
早めに診断書を受け取って、医師に書いてもらい、免許センターへ提出してください。
仕事より、こちらが優先かと。
すぐに動くことをお勧めします。

意識を失う発作はあるの？最後はいつ？

その書類に免許センターの番号が書いてありますか？そこに、失念していて遅れた旨伝えて、急いで提出しますと言えば大丈夫だと思いますよ。
私の感触では警察署より免許センターの方が若干親切に対応してくれます。

焦らんで良い。
免許返納しなさい。

ありません。
遅れてしまいましたが今からでも診断書を書いてもらい提出すれば問題ありません。

更新の意思無しと取られる可能性も否定はできないと思います。