普通二輪免許(AT限定)を取得した場合、免許証には、AT限定に限ると記載され

普通二輪免許(AT限定)を取得した場合、免許証には、AT限定に限ると記載されると思うのですが、この場合原付(50CC)のMTは運転していいのでしょうか？
普通免許を取ると、AT MT関係なく、原付はM
T AT両方乗れますが、バイクの場合も同じですか？

原付免許にそもそもAT限定なんてものはないので、原付除いた四厘含めてAT免許で原付マニュアルの運転は可能。
可能なだけで、仕組みも機能も分かってないと運転するのは難しいけどね。

原付はATに限ると記載されない限り原付は全て乗れる。原付のAT限定と記載されるのは身体的にMTを運転することが出来ないと判断された場合だ。原付のAT限定表示は存在する。

原付き免許にＡＴ限定と言う概念はありません。
普通免許のＡＴ限定で原付きのＭＴもＡＴも乗れるのと同じで、普通自動二輪免許のＡＴ限定でも原付きはＭＴもＡＴも乗れますよ。

原付(未満)は、両方乗れる。
原付(以上)、普通２輪(未満)のオートマ限定のみ乗れる。

お考えの通り、50ccのバイクならMTAT関係なく運転出来ます。

もちろん、運転して問題ありません。