普通免許初心者の者なのですが、先日原付の運転で違反してしまい2点加算さ

普通免許初心者の者なのですが、先日原付の運転で違反してしまい2点加算されました。
この場合普通の車の運転で1点加算されると初心者講習を受けるのですか？
それとも原付は原付、車は車で分けられ、車で1点加算されてもまた別に扱われるのですか？

再試験その他の初心運転者期間固有の罰則は、原付は原付、四輪は四輪で分けて考えます。
四輪でリーチかかったので、しばらく原付で行動する等の逃げが可能です。
普通一種取得者は、原付区分の違反点数で再試験その他の対象になる事はありません。
ただし、通常の免停等の罰則は全部ひっくるめて考えるので注意。

原付での違反なら普通自動車の初心者期間は関係ありません。つまりそれについては未だ０点です。因みに初心運転者講習は免許のカテゴリー毎に別れているので例えば普通自動二輪ならオートバイに乗って路上に出たりします。

乗用車での違反のみで初心者講習の対象になります。
初心者講習とは、
・初心者特例処分制度
です。
この処分制度のルールは以下です。
・初心者期間中に
・初心者となる車両での違反点が３～４点になると、
・初心者となる車両の初心運転講習の対象となる
質問者さんは普通免許の初心者期間であり、
原付違反はこの処分には影響しません。
ですがもう１つ別の処分制度である
「行政処分」があります。
これは違反車輛関係なく全違反点合計で
処分が決まります。
こちらの処分制度上では、
・車種関係なく
・あと４点の違反追加で
・全免許が免停になる
というものです。
いずれにせよ安全運転を。

加点はドライバーに課せられるから、車が何であれ加算される。

運転免許を取得して１年以内に軽微な違反を繰り返して3点以上になれば初心者講習を受講しないといけないのです。

初心者講習に関しては自動車を運転中の違反のみカウントされます
3点以上または3点＋αで初心者講習になります
こちらの点数はまだ0です
ただし、免停などの行政処分に係る点数は共通なので原付、自動車あわせてあと4点で免停の基準にかかります