普通自動車AT限定の免許を持っている人がMTの普通二輪免許を取ろうとする時

普通自動車AT限定の免許を持っている人がMTの普通二輪免許を取ろうとする時は免許無しですか？

おそらく「教習所のどの料金が適用になるのか」が趣旨の質問なのでしょうね。
普通自動車免許を所持している人は、その限定条件の有無や内容に関係なく、自動二輪免許を受験する時の学科試験は免除になり、指定教習所のコースも「普通自動車免許あり」の、学科教習が1時間しかなく、技能教習も2時間少ないものになります。料金表は「免許なし」ではなく「普通免許あり」のものを見ます。
AT限定の条件は、あくまで普通自動車に対して付いているものです。ある種類の免許で技能の条件が限定されていることは、他の種類には関係ありません。それに、学科試験で問われるのは法知識ですから、技能の限定条件とは何も関係がありません。AT限定があろうがなかろうが、同じ普通自動車免許の所持者で、同じ学科試験に合格した人間です。区別する理由がないんですよ。

結論から言うと、そうではありません。
普通二輪免許持ちでの課程になります。
学科教習は2時限のみ、技能教習は29時限(第一段階10時限、第二段階19時限)、仮免許学科試験は免除、卒業後の本免許学科試験も免除です。
ある意味非常に効率の良い取得方法です。

え？普通一種持ってるんでしょ？
何で「無し」になるの・・・？

ちょっと言ってる意味が分かりません。
車の免許持ってれば学科はほぼ免除されます。