運転免許申請書はボールペンが前提なのは知っていますが黒のボールペンじゃないと

運転免許申請書はボールペンが前提なのは知っていますが黒のボールペンじゃないとだめなのですか？間違えて青などで書いた場合どうなりますか？

所轄の警察によって違う事もあります
単にボールペンと書かれていたり、黒または青だったり、黒のボールペンと指定されているところもあります
その書類の注意書きに何て書かれているかによってですね

ボールペンでなくても、万年筆などを使用しても構わないはずです。ただ、インクの色については、機械で読み取り処理をする関係で指定があるかも知れませんので、黒と指定されているなら黒にしましょう。当日に駄目と言われて書き直す羽目になって困るのは本人ですよ。
申請書はたいてい、試験場に用紙があり、その場で記入できるように筆記具も備え付けられているものです。無理に事前に準備などせず、当日少し早めに行って現地で書くのも方法ですよ。

黒のボールペンと指定がされているのなら、書き直しを指示される場合があります。
ただ、社会通念上青インクのボールペンで書かれた書類も一般的に無効とは言えないのでその辺は公安委員会側の判断によります。

書き直しさせられます。