初めて運転免許更新した時は申請に行ってまた別日に指定の場所で講習を受けたんです

初めて運転免許更新した時は申請に行ってまた別日に指定の場所で講習を受けたんですけど二回目以降も申請→別日指定場所で講習の流れになるんでしょうか？

更新する都道府県次第です。
警察署であっても、申請から交付までその日1日(優良なら数時間)で終わる県もありますので。
どこの都道府県ですか？

窓口次第です。警察署だと即日交付にならない所が多いですね。

警察署なら毎回そのパターン

最寄りの警察署だとそういうことが多いですね。
免許試験センターとか、更新センターとよばれるところなら、申請→講習→免許受け取りの流れが1日で完了します。
お住まいの都道府県によって異なりますが、調べてみてはいかがでしょうか。