私は90ccバイクを使って通勤しております。 - 今回社内で無免許運転事案

私は90ccバイクを使って通勤しております。
今回社内で無免許運転事案が発生したことを受け、他営業所の管理職による通勤車両と運転免許の監査がありました。
ところが私の免許証を見るや否や、原付と書いてないから無免許運転だ！と意味不明な事を言い出し、無免許運転として本社の人事担当に通報されました。
そもそも私のバイクは90ccで黄色ナンバーだし、大型二輪免許まで持ってるのだから無免許運転ではないと道路交通法の抜粋を示してまで主張しましたが一向に聞き入れてもらえません。
その後本社からも無免許運転ではなく、法令違反している点は無いとの見解は示されましたが、指摘した本人は「法律の改正であなたの車の免許原付はついてこなくなった。私がそう思うんだからそう決まってるの！」と意地でも自分の誤りを認めようとしません。
私も少し頭に来たので、「では、◯◯(指摘した管理職)さんの免許証にはどうなんですか？私の免許証とどう違うんですか？」と聞いたところ確かに中型と原付の表示はあり、「私の時までは原付はついてきた、あなたの時代とは違う」と言い出しました。
さらに「私が免許を取ったときは原付免許を先に取らないと車の免許は取れなかった」、「私の時(年齢から推測するに昭和末期頃)は原付免許を取るとき100点満点取ったのに20回以上受けないと落とされる決まりだった」、「原付ですらそんな大変な思いをして取ったのに車の免許についてくるなんてあり得ない、法律がおかしい」等々、意味不明な事をヒステリックに主張してきました。
長くなりましたがここで本題。
・原付免許を先に取らないと普通免許が受験できない時期なんてありましたでしょうか？
・運転免許試験(学科、技能)において合格点に達したにもかかわらず一定回数は落とされるなんて事が本当にあり得るのでしょうか？
本来そんな言いがかりに近いような事を平気で良い放つような方を相手にしなければ良いだけなのでしょうけど、一時的とはいえ通勤許可を理不尽に剥奪されかけ不利益を被ったので質問致します。補足皆様こんな質問にご回答いただき、誠にありがとうございます。
皆様のお陰で少し胸を張る事が出来そうです。
分からず屋に一々付き合う事なく、わが社を利用していただく方々への対応に全力を尽くします。
出来ることなら皆様にベストアンサーを差し上げたいと思うのですが、一番やり取りの多い方をベストアンサーとさせていただきます事を御許しくださいませ。

ないですよ。全部言いがかりです。
教習所で免許を取らずに、免許センターの一発試験で取る場合、技能試験の最初の1回目は合格ラインでも本人の安全の為に不合格にするなんて都市伝説は聞いたことありますが…(一回で受かってしまうと練習もなく増長した気持ちで公道にでてしまうので)それとは話が違いますしね。
まあ自分の無知が恥ずかしくて言いがかりつけてるんでしょう。

とりあえず質問に回答します。前者も後者も「そのようなことはありません」。
車の免許（普通免許）を取得したら、原付免許がついてきたなどと言うことは今も昔もあり得ません。
指摘した本人が無知なだけです。これ以上波風を立てずに、無視しましょう。あなたに非はありません。

その指摘した人に対して、名誉毀損で訴えを起こしましょう。

この指摘した奴は死んだ方がいいな。

相手にしなくていいよ、そんなバカ。相手にするとバカがうつる。