普通二輪免許の卒検で交差点を通過する際に黄色信号に変わり止ま

普通二輪免許の卒検で交差点を通過する際に黄色信号に変わり止まった位置が停止線を超えてしまった場合その時点で中止でしょうか急に黄色信号になった場合はどのような対処が適切でしょうか？

速度、直進か右左折か、交差点の形状は、その他状況によりけりですよ。
いわゆるジレンマゾーンで迷った結果止まった、かつ横断歩道真上とか、完全交差点内で無ければ、「善意の過失」でお咎め無し。
上記だが明らかに判断不良に起因したり他の妨害になる恐れがあれば進入禁止(黄信号)20点減点。
仮に停止線越えてからでも無理、かつ危険な通過の仕方をすれば中止。
一番大切なのはそんなタイミングを作らないこと。
予測ですよ。
信号は「急」には変わりません。
しかも見えている不動物です。

黄色で進入した場合速やかに交差点からでなければなりません。

変わったタイミングにもよりますが、行っていいタイミングなのに止まってしまい、停止線を越えても中止にはなりませんが、明らかに止まれるタイミングで黄色になった場合は停止線を越えると中止になります。
急に黄色になっても止まれるよう、信号手前で減速しとくのが良いかと思います。