仮免許を取得後に教習期限が切れた場合は - また一段階からですか？

仮免許を取得後に教習期限が切れた場合は
また一段階からですか？

そうですね。
再入校手続きからやり直しです。

仮免の期限が残っていれば入所し直して2段階から開始はできます。
気に食わないならば他の教習所でも可能です。
ただし、双方ともそれを受け入れているかどうか。
法的には可能です。