小型二輪ATの免許を持ってます - 普通自動二輪MTの免許を

小型二輪ATの免許を持ってます
普通自動二輪MTの免許を取得しようか考えているんですが、新たに免許取得になるのか、限定解除になるのかどちらですか？

俗に小型二輪と呼ばれる免許は、普通自動二輪免許の小型限定つきです。質問者さんの場合はAT限定もついていますね。なので、既に普通自動二輪免許自体は持っていることになり、400ccのMTバイクを乗りたいなら、小型とATの限定を解除することになります。つまり、限定解除です。
手続きがどこでできるかは都道府県により異なりますが、一般的には試験場に出向く必要があります。免許証は作り直されず、裏面に解除の文言が記載されるだけで、表面の条件欄が無くなるのは、次の更新や再交付の時です。

限定解除です。

あなたの免許証を見てください。
免許種類欄に「普自二」と書かれており、条件欄に、「小型、ＡＴに限る」と書いてあるはずです。普自二MTとは、普自二の無条件の免許です。普自二ＭＴ免許の取得とは、あなたの場合、条件である「小型限定」と「ＡＴ限定」の両方を解除することになります。
回答としては「限定解除」になります。
ただし、免許センターでの技能試験や自動車学校での卒検は新規に普自二ＭＴ免許を取得する時の同じ技能試験となります。また、限定解除試験に合格した場合は、裏書されるだけで、免許証そのものは新しくなりません。

限定解除ですね！
AT車限定と小型限定の２つの解除で最短8時限、料金は7、8万ほどのようです。
免許取得頑張ってください！

新たに免許取得になるのか、限定解除になるのかどちらですか？

新たに免許取得
学科試験は免除