普通免許を持っていて、大型免許を取り、初心者運転期間中に普通車を

普通免許を持っていて、大型免許を取り、初心者運転期間中に普通車を運転していて違反で捕まったら、取り消しになるのは大型免許ですか？その場合は普通免許は残るのでしょうか？

大型自動車免許に「初心者期間」はありません。
取消処分になり得るとしたら、累積点数による「行政処分」での取消処分ですから、普通自動車免許も取消処分です。(持っている免許総べて取消処分です)

取り消しになる時は全ての免許が取り消しになります。

大特を取得の2年半後に普通免許取得。その半年後に大型免許を取得した場合は、質問内容の状況に近くなりますね。その場合、大型免許を取得した段階で、下位免許である普通免許の初心者運転期間は1年を待たずして終了します。
結果として、大型免許を取得していて、かつ普通免許の初心者運転期間中という状況はあり得ないことになります。
普通車だろうと大型車であろうと、免許が取り消しになるほどの違反を犯したなら、取得しているすべての免許が取り消しになります。

「普通免許を持っていて、大型免許を取り、初心者運転期間中に普通車を運転していて違反で捕まったら」
このケースはあり得ません。そもそも大型自動車免許に初心者期間はありませんし、普通自動車免許を取得してから3年が経過しないと受験資格がありませんので、大型自動車免許持ちであれば普通自動車免許の初心者期間は終わっています。

免許証は1枚たとえ原付で取消対象の違反をすればすべて取り消し。

免許取り消しになる場合は”全て”が取り消しになります。
>大型免許を取り、初心者運転期間中に
大型免許を取ったあとの初心者運転期間というものは存在しないと思いますが。。