免許の写真はカラコンダメだと思うんですが、どのタイミングで外したら

免許の写真はカラコンダメだと思うんですが、どのタイミングで外したらいいでしょうか？

写真撮影の間だけ。

注意されたら。
実際、カラコン装着で撮影したいんでしょ？
注意を無視したのなら怒られるのは仕方がないけれど、注意されないまま撮影終了まで行っちゃえば
「そうだったんですか。知らなかった」
と言い訳出来る。
それが許される日本は良い国です。

トイレに行くタイミング

近視なら、その日は朝から眼鏡で行くかクリアのコンタクトで行くべきでしょう。
視力が良いなら、裸眼で行きましょう。

試験場（免許センターや警察署）次第です。いちいち外す時間があるかどうか、わかりません。
ちなみに私の最寄警察署は視力検査直後に写真撮影です。
私の知人（女性です）は最初からカラコン外して眼鏡で視力検査して、眼鏡外して写真撮影してるそうです。0.03ぐらいのど近眼なんですけどね。

写真撮影の時点までです。そのコンタクトがないと必要な視力が得られないなら、最初から外しておくことは無理なので、視力測定まではつけておき、その後に外すことになるでしょう。もっとも、なかなかそんな時間や場所は確保できないですけどね。