特殊小型船舶免許(水上スキー)は原付と同じように1日か2日で取れるの

特殊小型船舶免許(水上スキー)は原付と同じように1日か2日で取れるのですか？(教習所に何日も通わなくても)

はい。
小型特殊船舶の取得には何日も通うのではなく１日～２日で取得するのが一般的です。
学科試験は独習しておいて、午前中に実技講習を受講し、午後に身体・実技・学科試験を受けるという流れです。
ただし、原付のように即日交付ではなく、試験を受けてから免許が発行されるまで２～３週間はかかります。
ちなみに、船舶免許の取り方には3通りの方法があります。
Ａ）登録小型船舶教習所で取得する
小型船舶教習所に入校し、一定期間講習を受講した後、国家試験と同等の内容の学科及び実技修了試験を受験し、合格すれば国家試験の学科と実技が免除されます。
自動車でいう指定自動車教習所にイメージは近いです。
Ｂ）ボートスクールに通って取得する
ボートスクールで学科講習・実技講習を受講し、国家試験を受験する方法です。
自動車免許でいう非公認の教習所に似ています。
Ｃ）独学で取得する
独学で勉強し国家試験を受験する方法です。実技は、船舶や指導者を準備する必要があることから、ボートスクールで受講する方法を選ぶ事が多いようです。私は、練習にお金をかけたくなかったので一度も乗ったことない状態で挑んでみました。
価格的にはＡが最も高く、Ｂ、Ｃの順に安くなりますが、大きな差はありません。
小型船舶免許の実技試験料は結構高額なため、１回でも落ちるとＣの金額メリットはほぼなくなってしまいます。取得自体を趣味としてやるならＣでも良いと思いますが、最初からＡまたはＢの方法を取るのが普通でしょうね。

いいえ。技能試験のない原付と違い、特殊小型船舶は実技試験があり、学科試験とは別の日が指定されます。また、学科、実技とも、その場で合否が発表されるのではなく、数日遅れます。よって、受験から合格までは数週間が必要になりますね。
また、実技試験があるのでどこかで練習をしないといけないのですが、自動車の仮免許制度と違い、水上スキーを無免許で運転できる環境と言うのは非常に限られています。なので、自動車免許と同様に、小型船舶教習所が実施する国家審免除講習を受けて取得するのが一般的です。そして、自動車やバイクと違って必要な時間数が短く、最短2日で可能ですから、わざわざ国家試験を受けて取得しようと言う人は殆ど居ないでしょう。