普通免許を受ける教習所の時からそうなのですが、信号待ちの1速にして

普通免許を受ける教習所の時からそうなのですが、信号待ちの1速にして発車させた後に2速にする際、アクセルペダルを離してクラッチペダルを踏んでギアを2速に入れますがその際、どうしてもエンジンブレーキがかかっ
て怖いです。しかも1速のエンジンブレーキなのでかなり強力なものがかかってしまい追突されそう！と考えてしまうのですがどうしたら良いですか？ あまり車に詳しないのですが御教授ください。

それは、クラッチを踏み込むのが遅いから。
ほんの少し、クラッチを早めに踏んでみて下さい。

単純な話、アクセスを踏んで速度を上げてアクセス離してクラッチ踏んで、ギアを変えて半クラッチにしてアクセルを踏むって感じですね。

アクセルを離すと同時にクラッチを切ってギアを入れるだけ、エンジンブレーキがかかるって事は、アクセルを離してからクラッチを切るタイミングが遅いのは？強力なエンジンブレーキがかかるって回転数上げすぎてないですか？

その際、どうしてもエンジンブレーキがかかって怖いです。
右足
アクセルペダルの踏み込み方が
浅いため
エンジンの回転数が低いだけ

クラッチを切るときに、アクセルを緩めるのが少しだけ早いので、クラッチの方をアクセルを緩めるよりも少し早く踏んでみて下さい。
右足と左足をシーソーの様にパタパタする練習をしましょう。