9月に原付免許を取得し、 - 2月に違反（一時不停止2点）を切られて7月に

9月に原付免許を取得し、
2月に違反（一時不停止2点）を切られて
7月に上位免許（普通二輪）を取得し
そのすぐ後信号無視の違反を切られたのですが
初心者講習になりますかね？
（この両方の違反は危険運転や暴走運転ではなく
初めて走る道で信号の場所がわからなかったりして切られたものです）
仕事でずっと運転していますので
教えていただければ幸いです。

2回目の違反で累積4点になっても、既に上位の免許を取得した後の違反なので、原付の初心運転者講習の対象にはなりません。
7月（幾日かわかりませんが）以降は、普通自動二輪での違反が初心者特例の対象になります。

普通二輪を取った時点で原付の初心者期間は終わってます。

なりません。