明日免許失効してしまったので免許センターで再交付に行くんですが、

明日 免許失効してしまったので免許センターで再交付に行くんですが、普通自動車と原付きと普通二輪と大型二輪の４つを併記しなくても普通自動車と大型二輪のみ併記で問題無いですよね。
試験手数料４種目払うの勿体無いので

お考えの通りです。
内包する(被る)下位免許を放棄し、最低限の免種のみ復活させる事も可能です。
(最小フルビット免許を作るときによくこの手は用いられます。)
なお、一度放棄した免種は如何なる理由があろうとも復活不能となりますので、その点は熟慮を！

免許証はひとり一枚だけ交付されるもので、免許の種別ごとには交付されませんよね。つまり、免許は人に対して交付されるものですから、有効期間も一斉に迎えるものです。個々に免許の有効期間が指定されているものではありません。これは、原付で免許取消の違反をした場合に、全ての免許が取消になるのと同じ意味です。