自分は元々はミッション車で普通免許を取りました。 - その後二種免許を取

自分は元々はミッション車で普通免許を取りました。
その後二種免許を取ったのですが、二種免許にはオートマチック車しか無く、条件に「オートマチック車に限る」という文言が加えられる事になりました。
しかし、もし今後ミッション車などに乗る機会が有ったら乗れないのでしょうか？
もしそうだとするとなんかおかしくないですか？
新たな資格を取得したら元々持っていた権利が剥奪されてしまうなんて。
また、二種免許は視力の測定も0.1良くなくてはならず、普通免許が両目で0.7無くてはならなかったと思うのですが、二種は0.8無くてはなりません。
もし、一種乗ってる時は眼鏡使用ではなかったのに二種に乗るには眼鏡が必要になってしまった場合、また自家用車に乗るときはどうしたら良いのでしょうか？
元々は眼鏡なんかかける必要が無かったのに、新たな資格を取るために眼鏡が必要になり、
元々乗っていた自家用車を乗るにも眼鏡をか
けなければならなくなるなんて何かおかしくないですか？

「二種免許にはオートマチック車しか無く」
試験場にはそんな制限はありませんので、たまたま通った教習所が、AT限定付きの二種のコースしか無かっただけでしょう。
「もし今後ミッション車などに乗る機会が有ったら乗れないのでしょうか？」
そもそもマニュアルトランスミッション車を「ミッション車」などと恥ずかしい省略表現をしているのも失笑もの(ミッションとはトランスミッションの略で、AT車にもMT車にも搭載されているのだから、ミッション車などと言うのは滑稽)ですが、一種免許にAT限定がついていない状態で二種免許をAT限定つきで取得したのであれば、免許の条件の「AT車」は「旅客車」に限定されているはずですので、自家用車のMT車なら運転はできますよ。
もし、質問者さんの免許の条件欄のAT限定の文言が「旅客車は～」となっていないなら、それは試験場のミスですので、校正して貰わないといけませんね。
「一種乗ってる時は眼鏡使用ではなかったのに二種に乗るには眼鏡が必要になってしまった場合」
その場合は「眼鏡等」の条件に「旅客車」の条件が追加になり、自家用車は裸眼でいいが、営業中のタクシーは眼鏡が必要になります。

運転免許の条件欄をよくご覧ください。
「普通車の旅客車はAT車に限る」と書いてありませんか？
二種免許を持つ腕利きのプロドライバーなら、その点はしっかり弁えてくださいな…

「旅客車はATに限る」という内容になってませんか？

それは勘違いです。
条件欄には『普通車の旅客車はＡＴ車に限る』のような記載がされているのではないですか？
旅客車でない普通車を運転する場合は、マニュアル車も乗れますので以前と変わりありません。
また、眼鏡についてですが、旅客車に乗る場合は眼鏡が必要だけれども、普通車では要らない場合には、条件欄が『眼鏡等（大型車、中型車、準中型車、旅客車、けん引車に限る）』のような記載になります。

条件欄に旅客車はＡＴ車に限ると書いてありませんか？
二種免許の基準だけ視力検査に引っかかるときは、条件欄に旅客車は眼鏡等と書かれますから心配要りません。

それは2種免許はオートマチック車に限るという意味です。