免許について質問です。普通免許（四輪）を持ってる人が二輪の免許（小型二輪・普通

免許について質問です。普通免許（四輪）を持ってる人が二輪の免許（小型二輪・普通二輪）を教習所で取得しようとする場合、学科の教習や試験は免除されますよね？そして、教習所で技能検定に合格し卒業した場合、免
許センターでの技能試験も免除されます。この場合免許を取得するには卒業証明書を免許センターに持って行くだけで免許を交付してくれるのでしょうか？普通免許を持ってるので学科試験は免除、教習所を卒業してるので技能試験は免除。後受けるのは適正検査くらいでしょうか？そこら辺がよく分かりません。

概ねお考えの通りです。
既に第一種免許の学科試験に合格しているので学科試験は免除、指定教習所を卒業しているので技能試験も免除となり、適性試験と書類手続きのみで新たな免許が与えられます。
なお、指定教習所においては四輪系免許を既に持っている方が新たに二輪免許を取得する際は学科教習が1時間だけ課せられます。
内容は危険予測で、技能教習とセットで受講します。

「この場合免許を取得するには卒業証明書を免許センターに持って行くだけで免許を交付してくれるのでしょうか？」
正しくは違います。運転免許試験は「適性試験・学科試験・技能試験」の3つで、質問者さんが言うケースでは学科試験と技能試験が免除になるだけですので、まずは適性試験を受け、合格してから交付手続きを取る事になります。試験が実施されるので、試験手数料の支払いが必要ですし、運転免許試験場などの「試験を行う窓口」でないと手続きできません。
しかし、現実的にはその理解でも構いません。指定教習所を卒業できている以上、視力や運動能力の不足で適性試験に不合格になる可能性はごく低いですからね。形だけの試験を受けて合格する、と言うステップが挟まるだけで、すぐに交付手続きはできるでしょう。

その通りです。「併記」(適正試験と写真撮影くらい)と呼ばれる手続きだけです。
あとは、免許証ができるまで待つだけ。

2ヵ月前に普自二免許を併記しました。
教習所で併記申請の書類を準備してくれました。
尚、併記は、お住まいによっては
管轄する警察署でも可能です。
小生は、警察署で併記しましたが
申請から4週弱かかりました。
申請時、適性検査有り。

教習所での学科は1時間だけあります、それ以外はあっています