刑務所に居た人は、服役中に期限を過ぎると運転免許が取り消しになる

刑務所に居た人は、服役中に期限を過ぎると運転免許が取り消しになるのですか？

「取消」にはなりません。期限を過ぎれば失効するだけです。
運転免許の失効再取得では、刑務所などに収監されていて更新手続きが取れないなど「やむを得ない理由」がある人は、失効から3年以内であれば無試験で再取得ができます。なので、3年以内に刑期を終えて出所できるなら、更新で運転免許を維持できます。
そして、刑期がそれより長い人のために、各地の刑務所にはおよそ2年に1回、運転免許試験場の職員が出張して、更新または再取得の手続きをしてくれます。この時に期限前なら更新の手続き、失効していれば再取得の手続きをとることで、運転免許は維持できます。

更新手続きがなされなければ、当然に運転免許は失効します。
それは刑務所の受刑者とて同じことです。
しかしそういった要因で運転免許を失うとしたら受刑者の社会復帰を妨げることになってしまいます。
そこで、公安委員会は定期的に刑務所に職員を派遣し、刑期が３年以上の受刑者に対する運転免許の更新および失効再取得の手続きを行います。
(身柄を拘束されているならば失効後３年間は学科および技能試験が免除される)
道路交通法違反等で収監前に免許取消となり欠格期間があるなど余程の事が無い限り、収監中に運転免許が失効することは殆ど無くなりました。

確か在所証明書とか取得してなんか手続きすれば大丈夫なはず

大丈夫です。短期間の収監なら証明書で再取得可能です。
ただ・・・今時は収監中でも更新出来る様ですヨ。

有効期限内に更新手続きがなされなければ、その期限以降は失効となる。（失効無免許と呼ばれる状態。

3年以内なら理由によって再発行(再取得)可能。
それ以上はもう一回最初から。