高校1年生の2月に原付の免許をとって、高校3年生の2月に車の免許を取りま

高校1年生の2月に原付の免許をとって、
高校3年生の2月に車の免許を取りました。
今車の免許をとって、半年経ちました。
1週間前に原付で二段階右折の違反で1点引かれ、今日車の信号無視で2点引かれました。
今は3点の点
数がある訳ですが、色々調べて、車での違反で3点にならない限り講習は大丈夫そうです。
でも私は高校2年生の時に沢山違反をして初心者講習を受けました。2018年の8月です。
そして2年がたって今週久しぶりの違反でした。
今週引かれてしまった3点は、
3ヶ月ルールが適応されるのか、
1年経たないと無くならないのか教えてください。

交通違反の点数制度は0点からの加点式なので、引かれることはありません。
質問者さんは、停止や取消の基準となる累積点数と、初心運転者制度による点数計算が、独立した別の制度である、と言う事、および、初心運転者制度が車種別である、と言う事を理解していないのでしょうね。なので、そのような混乱をするのだと思います。
累積点数は、運転者に対してつく点数です。原付で犯した違反も、普通自動車で犯した違反も、全て計算対象で、6点で30日停止になり、15点で取消になります。こちらは、3か月ルールや1年間の無違反期間があれば対象から外れる、などの計算ルールがあります。質問者さんの場合、過去2年間の無違反、と言う条件が達成できないので3か月ルールの適用はありません。1年間の無違反を心がけましょう。
あと、現在が3点であるとは言えないでしょう。質問者さんの「高校2年の時に原付で沢山やった違反」の後に、1年間の無違反期間がなければ、それらの点数も累積点数として残っているはずですからね。それらが残っていて6点以上になっていれば、いずれ30日の停止処分の通知、もしくはその前に行われる違反者講習の通知が来るでしょう。後述のように、初心者講習は別のシステムの処分なので、講習を受けたからと言って点数が消えたりはしません。
そして、それとは別に「車種別に」初心運転者制度があります。対象免許の初取得から1年間に、対象車種で犯した違反を数え、それが3点以上になったら対象車種の初心者講習に呼ばれます。講習を受けなかったり、受けた後に同じだけの違反を繰り返すと、初心者期間の終了後に再試験に呼ばれ、不合格だと対象免許を取り消されます。
質問者さんの場合、原付免許の取得から1年間が原付免許の初心者期間で、普通自動車免許の取得から1年間が普通自動車免許の初心者期間です。質問者さんが受けた初心者講習は原付のものであり、原付の初心者期間は1年間が経過した時点で終わっています。今は普通自動車の初心者期間なので、普通自動車での違反が数えられるのです。

3ヶ月ルールは過去2年間の無事故無違反が必要
二段階右折は対象だったが、一週間後に違反をしたので適用されなくなった。当然信号無視は過去2年間に違反があるから3ヶ月ルール対象外
今回の違反点が累積対象外になるのは1年後です