今普通自動二輪の免許で教習所に通っています。そして普通自動車の免許は

今普通自動二輪の免許で教習所に通っています。
そして普通自動車の免許は持っています。教習所を卒業して警察署にいくと
①顔写真を撮って新しい免許証を作る。
②今ある免許証のうらに自動
二輪の捺印をあされる。
どっですか？

多分免許センターに行かないと駄目だと思いますよ
併記になりますので証紙を買う等して写真を撮って
新しい免許証に変わると思います古い免許証が
欲しい時は前もって言って下さいね。

併記と言って更新ではありませんから試験が残っています。
実技試験・学科試験・適性試験の内、学科と実技の試験は免除されていますが、適性試験が残っています。
更新なら警察署でも可能ですが、試験は警察署ではおこなわれていないので、試験センターへ行って合格する必要があります。
合格したら顔写真を撮って新しい免許証を作成です。

①です。
新規の免許証になります。

最後のは「どっちですか？」かな。であれば、そもそも「警察署に行けばいい」と言う段階から間違っているでしょうね。
手持ちの運転免許証に種類を追加する手続きは併記と言いますが、併記の手続きは通常、運転免許試験場でないとできません。警察署で取り扱ってくれるのは、遠隔地の出張試験をしているなど、ごく一部の特別なケースだけでしょう。
併記は、試験手続きと交付手続きで構成されます。運転免許試験は「適性試験、学科試験、技能試験」の3つです。質問者さんは普通自動車免許の所持で学科試験が、指定教習所の卒業で技能試験が免除されますが、適性試験は免除にならないので、試験を受けなくてはいけません。なので、試験を行っている窓口に、試験を行っている日に行かないと手続きはできません。しかし、警察署は通常、その窓口にはなりません。
併記では免許証を作りなおしますので、写真も撮り直しです。

①です
AT限定などの限定免許からMTの免許を取得して限定解除になった場合にはハンコだけで済みますが、新規に別の免許を取得した場合は必ず更新されます

免許センター
申請後
①顔写真を撮って新しい免許証を作る。・・・・・に