運転免許証に関してなのですが、普通車免許の卒検を合格して、免許セ

運転免許証に関してなのですが、普通車免許の卒検を合格して、免許センターで本免試験を受けずにまた教習所へ通って普通自動二輪も卒検合格した場合は免許センターにて2回本免試験を受けなければ行けませんよね？

この場合、通常なら免許持ち状態で二輪免許取りますよね。でなければ学科教習また受けないとならないし。
受験料？それとも時間節約？
一回免許取れば、学科分の費用も時間も節約できますよ。
かつて二輪と普通免許の学科が今みたいに共通扱いされてなく、二度学科教習と学科試験受けました。
それぞれ専門の学科もあったけど、重複が多いからつまんないし時間の無駄でしたよ。

その回答は、Yes でもあり、またNoでもあります。
何も免許を持たないか、原付/小型特殊自動車だけの所持者が、指定教習所で2つのコースを同時期に卒業し、運転免許試験場で同時に本免許試験を受ける事は、可能です。その場合、試験手数料はそれぞれの種類用のものを支払って、2つの試験を同時に受ける事になります。よって、答えは Yes です。
しかし、それで実際に行われるのは、適性試験と学科試験が一度だけですから、答えは No になります。
なお、どちらか一方で先に免許証を取得してしまえば、他方は学科試験が免除になり、26時間の学科教習も重複して受ける必要は無くなりますので、普通の人は質問者さんが言うような通い方・取得の仕方はしません。このケースに該当するのは、合宿などで二輪と四輪を並行して受けるケースに限られるでしょう。

26ｈで良い学科教習を52ｈ受けるつもりなら良いのでは。

そりゃ別物ですからね。

つーか、それ以前に二輪教習でまた学科授業を一から受け直しだよ？（普通免許持ってないから）
したい？