HONDAカブシリーズは公式サイトではAT車と表記されてますが足元に

HONDA カブシリーズは公式サイトではAT車と表記されてますが足元に変速ギアがある為MT車の免許が必要になるかと思います。免許を取得するならAT車、MT車どちらを取るべきですか？

MT免許が必要なのはクラッチ操作が必要な車両を運転する時です。
なので、カブはAT免許でもOK。
後々いろんなバイクに乗るつもりがあるならMT取っといた方が無難かも。