原付の免許（初心者期間は終わっている）を持っています。この前初めて違反で2点

原付の免許（初心者期間は終わっている）を持っています。この前初めて違反で2点を引かれました。
もうすぐ普通自動車の免許を取得するのですが、普通車の免許を取得してからもこの2点というのは引き継がれますよね？それだと今は大丈夫ですが、普通車の免許を取得したらいきなりあと1点で普通車の初心者講習を受けなければいけない。ということになるのでしょうか？

なりません、自動車の違反で複数回で3点以上の場合のみ。

まず、違反点数は引かれるのでなく、加点です。
あと初心運転者期間は免許毎になるので、全体での違反点数は2点ですが、普通免許を取得したときは初心運転者の点数は０点です。あくまで普通自動車を運転したときの違反点数が反映されてくるので、たとえ普通免許を取った後でも原付で違反を犯せば、普通免許の初心運転者の違反点数には反映されません。

色々違います
点数は引き継がれるというわけではなく人につくので、貴方が2点持っている状態になります。当然持っている免許が何種類になろうとも合計点数で処分されます。この点数が6点以上で行政処分の対象になります。
また、それとは別に初心運転者制度があり普通免許取得度一年以内に普通自動車を運転中の違反が3点以上（一度で3点の場合はもう一度違反したら）になると初心者講習をうけることになります。こちらは原付で何点違反しても無関係で、普通自動車を運転中の違反のみです
貴方の場合は、2点は原付の違反なので初心者講習までの点数は何も点数のない人と同じ条件になります。ただし4点以上の違反をすると免停と初心者講習両方になります