仮免許取得から6ヶ月経って卒業検定に合格してないと仮免許は取り消し

仮免許取得から6ヶ月経って卒業検定に合格してないと仮免許は取り消しですか？取り消しになった場合はまた第1段階からやり直しですか？

取り消されるのではありませんが、効力を失います。
どちらにしても以後仮免許を用いて練習又は技能試験を受験されるのであれば改めて仮免許試験を受けなければなりません。
なお、指定教習所において仮免許試験(修了検定)を再度受験される場合は、その教習所において第一段階の学科および技能教習が有効であること、つまり教習期限が切れていたり、現有している仮免許がその指定教習所以外の場所から持ち込まれた(例えば仮免許を一発試験や失効再取得等で交付された)ものでない事が条件になります。

仮免は取り消しで、仮免再取得からですが、入校から9か月過ぎると一からやり直しか、仮免有での再入校。

仮免許の有効期限は6ヶ月なので、それを過ぎると路上での運転ができなくなりますので、当然ですが「卒業検定」もできなくなります。
仮免が切れてしまっても、教習期限が残っていれば、仮免再取得で第二段階の続きからとなります。
教習期限も切れてしまっているとなると、新たに最初からやり直しです。

いいえ。取消にはなりません。ただ期限到来で失効するだけです。
仮免許には更新の手続きは無いので、引き続き教習や検定を受けたければ、仮免許を取り直す必要があります。