会社を退職する意思を伝えたら、『会社の経費で取得した中型自動車免許を取り

会社を退職する意思を伝えたら、『会社の経費で取得した中型自動車免許を取り消してもらう。』と言われたのですが、交通違反以外で、こちらの意思で取り消す事は可能なのでしょうか？

免許や資格は、それが免許や国家資格の場合は「国」や「自治体」が、その免許や資格を取得した「本人」に対して交付するものであって、その「本人」が働いている「会社（企業）」に交付するものではありません。
よって、免許を取り消す必要はありません。
そもそも費用を誰が負担するかという「支払い」の問題と、その免許や資格を誰が取得するかという「取得者」の問題は全く別の問題です。
その費用が親であろうと会社であろうと、実際に免許取得に合格した人が正当取得者です。
その会社は最低の会社ですね・・・。
そんな常識的な事も分からないのですね・・・。

初めに普通免許を持っていて、会社が教習費を出して中型を取得し、
免許証に併記したと言う事でよろしいですか？
併記項目の取り消しは事情を話せば可能だと思います。

返納は可能ですが、会社が返納を強要することはできないでしょう。
免許取得時に退職時には返金する等の契約があったのであれば、返金が必要にはなるかもしれませんが、それすら無いのであれば、何もおきませんね。

免許返納の規定がありますが、あくまで本人の
意思の下に行われるもので、会社の意向で
個人の資格を剥奪するような事は出来ません。
就業規則や条件に依るところです。
今回、免許を取るにあたって、何らかの
確約は無かったのでしょうか？
タクシー会社などは、二種を養成するにあたって
会社で経費を負担する場合は「二年以内に自主退社
する場合は、かかった費用の~~パーセントを
返還します」などの条件を付けて雇用します。
揉めたら「法テラス」などに相談するのが
良いでしょう。

免許証返納の規定があります。