空飛ぶ車を運転するためには、「自動車運転免許」が必要ですか？「自家用操縦士」

空飛ぶ車を運転するためには、「自動車運転免許」が必要ですか？「自家用操縦士」が必要ですか？
また、適用法令は道路交通法ですか？航空法ですか？

当然ですが両方の免許が必要になると思います。
何かが起きた時に道路上だったのか飛んでいる時だったのかで
適用される法律は変わって来るでしょう。
航空法が地上何ｍ以上なのかなどとは決まっていません。
今では地上滑走中の機体が事故を起こしても航空法が適用されます。
その機体が車でも有る場合には少し違ってくるだけです。
まだそうした法律は有りませんのでどうなるのかは不明です。

水陸両用のバスを例に考えるなら、道路を走るときは自動車の免許で空を飛ぶときは自家用操縦士の資格になるだろうね（´・ω・｀）
水陸両用のバスの場合は、陸を走るときは大型に種を持った人が運転して、水に浮くときは船舶免許を持った人に交代しているそうです（´・ω・｀）

そんな時代になったら本当にプリウスがミサイルになるな
NHKにプリウスミサイルしとけよ

菅内閣が積極的に行政改革を行なわない限り、縦割り行政の弊害で、
「自動車運転免許」と「自家用操縦士免許」の両方とも必要です。
もしかしたら、「飛行機」と「ヘリコプター」の両方の免許も必要？

両方必要です。
両方の法律が適用されます。

公道を走るときは運転免許、飛ぶときは操縦士の両方が必要です。
走っているときは道路交通法で、飛ぶときは航空法。
水陸両用車も水上では船舶免許が必要。