至急です！免許についてです！ - マニュアル普通車の卒検が終

至急です！免許についてです！
マニュアル普通車の卒検が終わったのですが、ずっと免許センターに行ってなく、今年中に行く予定です。
しかし、卒業証明書の有効期限は1年と記載されていますが、審査（限定解除）は3ヶ月と記載されています。
卒検が終わってからもう3ヶ月が経ったのですが、この場合はどうすれば良いのでしょうか？

運転免許の新規取得なら1年以内に試験場に行っていない学科試験と適性試験に受かれば大丈夫です。
AT限定を解除してMTにする場合は３ヶ月以内に試験場や警察署(兵庫県など一部の都道府県に限ります)に行かなければなりません。

免許を取得するための教習(学科26時間、技能34時間)をしたのですか、それとも「AT限定解除」をしたのですか？
前者であれば、1年以内に学科試験を受けて合格しないと、自動車学校での教習が無駄になります。
後者であれば、3ヶ月以内に運転免許試験場で「AT限定解除」の手続きをしないと、自動車学校での教習が無駄になります。

質問者さんが言う「マニュアル普通車の卒検」が、普通自動車コース(AT限定なし)の卒業の意味なら、卒業証明書の有効期間は1年間です。しかし、AT限定解除コースの卒業の意味なら3ヵ月です。
後者の場合、教習所に通ったことが無駄になってしまいましたので、もう一度教習所に通うか、一般試験でAt限定解除審査を受けるかの、どちらかになりますね。

マニュアル普通車の卒検
と言うのは新規取得ですか？
限定解除ですか？
新規取得
普通免許を持っていないので取得する
限定解除
既にAT限定の普通免許を持っていて
マニュアル車も運転できるようにする。
新規取得なら1年有効
限定解除なら3ヶ月有効

質問者様がお持ちの書類のタイトルは何になってるのですか？
「卒業証明書」となってますか？
「技能審査合格証明書」となってますか？