原付二種を取ってから普通運転免許を取る場合、普通運転免許の学科は免除される

原付二種を取ってから普通運転免許を取る場合、普通運転免許の学科は免除されるんでしょうか？

原付二種に乗れる免許は普通自動二輪小型限定ですから、学科試験は普通自動車と同じです。
なので、学科試験は免除です。
1〜2時限程度は学科教習がありますけど。

原付二種というと、普通二輪の小型AT限定ですね。
普通二輪免許(もちろん小型AT限定でも)があれば普通自動車の学科試験は免除です。
教習所でも基本的には免除ですが、自主経路や危険予測あたりは受講する必要があったと思います。