AT限定普通車免許を持っていたらMT自動二輪の教習を受ける時、

AT限定普通車免許を持っていたらMT自動二輪の教習を受ける時、学科免除になりますか？MT免許でないといけませんかね？

AT限定普通車免許でも学科試験に合格して免許を取得してるハズなので二輪免許を取得する際は学科の教習も試験も免除です。
教習所の卒検に合格しさえすれば二輪免許は所得出来ます。
卒検は教習所の中を交通ルールを守って走れたら誰でも合格します。

AT普免の教習時に学科受講はAT/MTで分けられたかい？
第一種免許の学科免除になるには、普通免許、
準中型免許、中型免許、大型免許、普通二輪免許、
大型二輪免許、大型特殊免許、けん引免許の
8種類の何れかを取得していればOK。
AT・MTは関係ありません。

学科試験は共通なので免除です。
学科教習は2時間あります。

原付免許又は小型特殊免許以外の第一種免許を既にお持ちの方が他の車種の第一種免許を追加するのに、学科試験は課せられません。
それがAT限定だろうと何限定だろうと無関係です。

車はATでも学科試験は免除になりますよ。

確か、1、2時間の二輪のための学科教習はあったと思いますが、それはAT限定かどうかは関係ありません。
併記時の筆記試験は免除になります。