過去に原付免許で違反をした点数は自動車免許で違反をした点数と加算して数え

過去に原付免許で違反をした点数は自動車免許で違反をした点数と加算して数えられますか？

どのくらい過去かにもよりますが、
基本、車種によって別計算にはなりません。

免許証を2枚お持ちですか。違いますよね。運転免許証は「運転できる車両」ごとに発給される物ではなく、「運転する人」ごとに発給される物です。従って、違反点数は「あなた」の免許につくものです。

交通違反の違反点数は「運転者」につきます。新たな種類の免許を取ったから合算するとか、そういう話ではありません。免許の種類が増えても、運転者は変わらないのですからね。
車種別に点数を数えるのは、初心運転者制度上の違反点数だけです。

加算されて数えられます。