大型免許取得のために教習所に通ってるのですが卒検終了後は警察署で交付し

大型免許取得のために教習所に通ってるのですが卒検終了後は警察署で交付してもらえるのでしょうか？

手持ちの運転免許証に種類を追加す手続きは「併記」と言いますが、併記は試験と交付の手続きで構成されます。大型自動車免許のコースを取っているなら、既に普通自動車免許などを所持しているのでしょうから、本免許学科試験は免除ですし、指定教習所の卒業生なら技能試験が免除になります。しかし、残る「適性試験」があるので、試験を行っている窓口で併記の申請をし、試験を受けて合格しないといけません。
この「試験を行っている窓口」が具体的にどこであるのかは、都道府県によって異なりますが、離島や遠隔地での出張試験を除き、警察署で試験を実施することは基本的にありません。運転免許試験場あるいは免許センターなどと呼ばれる窓口に、平日に出向かないといけないでしょうね。

免許の併記は、免許センターでしかやっていません。

運転免許試験場に出向く必要があるでしょう。
警察署では原則として扱いません。
もっとも、その「運転免許試験場」が警察署に隣接又は併設されているなら話は少し変わってきますが…

全ての都道府県のことを熟知しているわけではありませんが、ほとんどの都道府県は警察署での運転免許手続きは更新や再交付、記載事項変更や限定解除のみで、新規交付はしていないと思います。
試験場でしかやっていないと思います。

運転免許試験場（運転免許センター）です
警察署では交付してくれません。

ダメです。
運転免許センターなどへ出向く必要があります。
併記は試験の扱いになります。
学科、技能の試験は免除されても、適性試験(視力検査)は免除されません。