今度本免試験に行くのですが、そのとき視力検査あるじゃないですか？私は

今度本免試験に行くのですが、そのとき視力検査あるじゃないですか？私は目が少し悪いので運転の時だけ眼鏡をかけるようにするつもりなのですが、免許証に眼鏡等と書かれるのはわかるんですが、免許証の写真は眼鏡を
かけた写真じゃないとダメなんですか？

いいえ。免許証に眼鏡等の条件があるから、写真も眼鏡をかけていなければいけない、と言うような制約はありません。眼鏡「等」にはコンタクトレンズも含まれますしね。
昔は、眼鏡等の条件の有無にかかわらず、写真撮影時には眼鏡をはずして撮影させられていたように記憶しています。眼鏡の有無で印象は変わってしまいますからね。運転免許証の写真は取り締まり現場での本人確認が目的なので、写真は眼鏡なしとし、現場でも眼鏡を外させて確認をする、と言う運用だったのだと思います。ただし、現在では写真撮影時に眼鏡を外せ、とは言われなくなっているようで、どちらでも本人特定に支障は無い、と言う方針に変わったのでしょうね。

写真撮影のとき座ったらさっとメガネを外して膝の上にでも置けば何も言われません、許可を取る必要もありません

コンタクトレンズを装着していないなら、メガネをかけての撮影になるでしょう。
また、試験を受ける前にメガネ屋で視力のチェックをしておくことをお勧めします。

普段からメガネを掛けているならメガネを掛けたままで
良いのでは？
運転中だけなら写真撮影の時は掛けなくても良いと思います。
どちらにせよ、メガネが無ければ運転出来ないですから。

ダメじゃありません。