普通自動車免許を合宿で申し込む際、既に普通自動二輪免許を保持していた

普通自動車免許を合宿で申し込む際、既に普通自動二輪免許を保持していたら申し込みできませんか？

少数派だから考慮されていないことが多い
段取りが悪い

いいえ。別にそれで拒否されたりはしませんよ。同じ合宿の枠から、学科免除者として割り当てを受けるだけになります。どうせ、最短日数が1日短くなるだけで、予約手配も料金も大差ありませんしね。

逆に1〜2万円程度割引になるはずだけど。

それがNGという教習所は私は聞いたことがありませんが、申し込みたい教習所に聞くべきでしょう。
ただし、かなりヒマなことが予想されます。
免許無しか、あっても原付のみの人なら、学科の授業＋学科試験のための勉強で、そこそこ忙しいですが、普通二輪（限定付きを含む）や、大型二輪、大型特殊免許を持っているのなら、仮免も含めて学科試験はなく、学科の授業もほぼ免除です。
つまり、合宿の間は毎日2，3時間乗るだけで、他にすることはありません。
外出は制限されてないでしょうが、大抵は郊外にあるので、近くで遊ぶところもないと思います。

教習所により様々ですし、料金も変わると思います。
日数そのものは変わらないだろうけれど。
できるところもあるだろうし、できないところもあるかも知れません。
行きたい教習所に聞くしかない。
その教習所のサイトで、保有免許の欄があれば、行けると思って良いです