二輪免許を持っていて - 車のオートマの免許を取りたいんです

二輪免許を持っていて
車のオートマの免許を取りたいんですが
学科は免除になるので実技だけなんですが
通いで最短でどれくらいかかりますか？

学校や仕事のスケジュールと教習所の予約状況も思いますので、最短でも2ヶ月はみといたほうがいいですよ
焦らず普通のペースでいくなら4ヶ月くらい掛かるでしょうね
じっくりと時間かけてとる人は半年ぐらいかけてますね
合宿免許なら3週間～１ヶ月ですね
ちなみに私は31年も前に合宿でとりましたよ
当時と今とではカリキュラムが違うと思いますが、入校から卒業まで2週間でしたね

学科の免除は数時間程度。
学科と実技両方とも４０数時間程度必要となります。
学科は一気に取りやすいですが、実技が一筋縄ではいかないです。
ＡＴで３５時限、ＭＴで３８時限なので、１３～１５日が最短ですが、その他仮免試験や本試験やら入れると１７～１９日必要となりますが、試験関係はすべて１発で取れればって感じです。
学生でも社会人でも、それだけの日数を運転免許に費やせるのであれば可能かもしれませんが、そうじゃないなら、素早く余裕を持っても２ヶ月程度と考えた方が良いと思います。
まあ、それなりに余裕をもってなら３～５ヶ月程度じゃないでしょうか？
日々の生活もありますし、それくらいの余裕が無いと煩雑になり過ぎて、覚えないといけないことも覚えれずに免許取得、晴れて運転可能となりますが、その後が怖いところです。

予約が全部最大までつめられたとしても13日はかかると思います。

学科免除になっても、技能教習の法定時間は2時間しか短くなりません。なので、通いでかかる期間に大差はありません。閑散期に毎日通って技能教習を受けられて5週間、と言うところでしょう。