普通自動車AT限定の免許を持っていて、普通自動二輪のMTを取ろうと思ってい

普通自動車AT限定の免許を持っていて、
普通自動二輪のMTを取ろうと思っています。
教習所では、普通自動免許所持だと安いとありますが、
AT限定免許でも普通自動車免許所持扱いになるのでしょうか。

ええ。学科試験が免除になるので、教習コースも学科教習が1時間しか行われず、技能教習も免許が無い人に比べて2時間短くなります。その分だけ教習料金も安く設定されますね。
AT限定がついていても「普通自動車免許」の所持者であることは変わりません。学科はAT限定の有無に関係なく共通ですし、そもそも二輪の免許には、四輪の技能の限定条件なんて関係ありませんからね。

お考えの通りです。
普通免許には変わりないので、学科1時限、技能17時限です。
白紙(又は原付・小特免許あり)よりは安くなりますね。