普通免許AT限定を持っていてMTの準中型免許を取ろうと思っているのですが、

普通免許AT限定を持っていてMTの準中型免許を取ろうと思っているのですが、この場合技能教習は何時限ありますか？

指定教習所のコースは、学科1時間、技能17時間ですね。教習所によっては、まずAT限定解除(技能4時間)のコースを取り、それから準中型車のコース(学科1時間と技能13時間)を取るように段階を踏むかも知れません。
「MTの準中型免許」
準中型自動車免許をAT限定付きで取得することはできませんので、わざわざ「MTの」を付ける必要はありません。AT限定がつけられるのは、普通自動車と自動二輪の免許だけです。

法的にはATを解除せずに準中型を取得できます。(ただし、教習所によっては解除してから取ってほしいと言われることもあります。)
調べたところ、技能17時間、学科1時間です。
余談ですが、普通二種ATを取得しておけば技能13時間のみになります。

まずはATからMTへの限定解除をしなければ準中型は受けれません。
限定解除には4時間の技能講習が必要になります。
限定解除ができた後に準中型になりますが
技能13時間と学科1時間を受けることになります。