免許証に使われている漢字が特殊なモノで、マイナンバーカードでは代

免許証に使われている漢字が特殊なモノで、マイナンバーカードでは代替文字が使われてます。
本人確認の為に両方のコピーを提出しなければならないのですが、漢字一字だけ違いますが大丈夫でしょうか？

さあ？。ダメかも知れないし、OKかも知れません。本人確認書類として受け入れる側の判断です。問われたら、マイナンバーカードの登録では使えない文字と言うことで代えられた、とでも言えばいいでしょう。それで駄目とか抜かすバカな企業は相手にせず、サービスは利用しない事ですね。
運転免許証もそうですが、マイナンバーカードにしても、公的な身分証明書として発行される書類ではありません。あくまで行政手続きに必要なマイナンバーを記録したカードであって、いずれ国民誰もが持つIDカードを実現したい政府が「マイナンバーカードを身分証明書として使える体裁にするので使いたければ使っていいよ」と提供しているだけです。
印刷で使用する文字も、採用するシステムの仕様で使えない字がありますが、各システムの都合で勝手に定めているもので、他所での通用性に配慮している訳ではありません。