自動車2種免許をとりたいのですが、大型免許を持っている場合は、普通2種免許

自動車2種免許をとりたいのですが、大型免許を持っている場合は、普通2種免許は、取れないのですか？大型2種免許になるのですか？

いいえ。普通二種は、大型一種の下位免許ではないので、問題なく受験できますよ。受験できないのは、既に持っている種類の免許の下位免許だけです。
上位下位は、その種類で運転できる車両が、他の種類で包含されているかどうかで決まります。普通一種で運転できる車両は、大型一種で全て運転できるので、普通一種は大型一種の下位です。しかし、普通二種で運転できるセダンの旅客車(タクシー等)は、大型一種では運転できませんから、普通二種は大型一種の下位ではありません。

そんなことはありませんよ。

大型、普通2種、大型2種は全部別々の免許ですので、それぞれを取得できます。

いいえ、普通二種と大型になっても大丈夫です。