原付免許をもっているのですが、 - 普通自動車の免許が取れた時に、今持っている

原付免許をもっているのですが、
普通自動車の免許が取れた時に、
今持っている免許がATの免許に替わるってことですか？もしくは原付とATの２枚の免許を持つことになるんですか？

いいえ、1枚にまとめられます

免許証は1枚ですよ。普通自動車の免許が取れた時に書き換えになります。
真ん中の下の方に「種類」ってところがありますが、そこに「普通」が追加されます。「原付」はそのまま残ります。
AT限定については、中段の「免許の条件等」のところに「普通車はAT車に限る」って書かれます。

免許証にAT限定とかかれ普通と原付の項目にしるし付くだけで二枚もちません。

1枚の免許。