仮免許って自動車学校を卒業したら必要ないですよね？本免学科試験を受ける頃

仮免許って自動車学校を卒業したら必要ないですよね？本免学科試験を受ける頃に仮免許の期限が切れそうなんですが、自動車学校を卒業していれば問題ないですか？

問題ありません。
卒業証明書の期限が決まっているのでその期間までに本免の試験受けて合格して、取得しないと初めからとなります。

公認の教習所卒業なら仮免の期限が切れてても問題ありません。
(教習所卒業してるなら仮免が有効でも運転してはいけません。）
卒業証明書の有効期間内なら技能試験免除で受験できます。