新車のブツについて納車時には気がつかなかったのですが、納車後2週間後にカーコ

新車のブツについて
納車時には気がつかなかったのですが、納車後2週間後にカーコーティング専門店に依頼したところボンネットにブツがあることがわかりました。
販売店に言うのですが、どの対応が最善でしょうか？
その部分だけの補修。→何年後かが心配です
ボンネットの全塗装。→何年後かにほかの箇所との違いが出ますか？
ボンネットの交換。→ほかの箇所との違いはわかりますか？
専門店のコーティングも行ってしまったため、ボンネット修理後のコーティング代も販売店に請求できますでしょうか？

ボンネットの全塗装かボンネットの交換が良いと思います・・・・
コーティング代も販売店に請求できます

納車時点で見落としてブツがあることをわかっていながらコーティングしたのだから修理後のコーティング代の請求は論外です。
ボンネットの補修については販売店との話し合いかと思いますが部分補修、全塗装、交換のいずれの方法でも貴方が納得する方法を求めれば良いと思いますが新車であってもフェンダーとバンパーなどは微妙に色が違います。また、同じカラーナンバーのパーツでも作成工場や時期によっても違いますから完璧に一致させることは不可能です。ある程度の妥協は必要です。